Gubitak konformacijske entropije je veliki doprinos u termodinamici savijanja proteina Međutim, precizno određivanje količine pokazalo se izazovnim. Ovaj gubitak izračunavamo koristeći molekularne dinamičke simulacije i nativnog proteina i realnog ansambla denaturiranog stanja.
Šta je konformacijski entropijski protein?
Konformaciona entropija je entropija povezana sa brojem konformacija molekula. … U proteinima, diedralni uglovi kičme i rotameri bočnog lanca se obično koriste kao parametri, a u RNK se može koristiti obrazac uparivanja baza.
Šta ima veću konformacijsku entropiju, presavijeni ili nesavijeni protein?
Konformaciona entropija polipeptidnog lanca je veća za nesavijeno stanje u poređenju sa kompaktnijim presavijenim stanjem koje karakteriše mnogo ograničeniji konformacioni prostor. Stoga, ovaj doprinos stabilizuje nesavijeno stanje (ΔSconf > 0).
Šta određuje konformaciju proteina i koji je problem povezan sa savijanjem proteina?
Primarna struktura proteina, njegova linearna sekvenca aminokiselina, određuje njegovu nativnu konformaciju. Specifični ostaci aminokiselina i njihova pozicija u polipeptidnom lancu su odlučujući faktori za koje se dijelovi proteina savijaju usko zajedno i formiraju njegovu trodimenzionalnu konformaciju.
Koji faktori utiču na savijanje proteina?
Savijanje proteina je vrlo osjetljiv proces na koji utiče nekoliko vanjskih faktora uključujući električna i magnetna polja, temperaturu, pH, kemikalije, ograničenje prostora i molekularnu gužvuOvi faktori utiču na sposobnost proteina da se savijaju u svoje ispravne funkcionalne forme.
