Homološki model dobija trodimenzionalnu strukturu ciljnog proteina zasnovanu na sličnosti između šablona i ciljnih sekvenci i ova tehnika se pokazala efikasnom kada je u pitanju proučavanje membranskih proteina koji teško ih je kristalizirati poput GPCR-a jer pruža viši stepen razumijevanja …
Šta je homološko modeliranje i zašto je potrebno?
1.2.
Homološko modeliranje je najpreciznija računska metoda za kreiranje pouzdanih strukturnih modela i obično se koristi u mnogim biološkim aplikacijama. Modeliranje homologije predviđa 3D strukturu proteina upita kroz poravnanje sekvenci šablonskih proteina.
Koji je princip modeliranja homologije?
Homološko modeliranje je također poznato kao uporedno modeliranje predviđa proteinske strukture na osnovu homologije sekvence sa poznatim strukturama. Zasniva se na principu da “ ako dva proteina dijele dovoljno visoku sličnost sekvence, vjerovatno će imati vrlo slične trodimenzionalne strukture.”
Šta čini dobro homološko modeliranje?
Ako definiramo "veoma uspješan homološki model" kao onaj koji ima <=2 Å rmsd iz empirijske strukture, tada šablon mora imati >=60% identičnost sekvence sa ciljem za uspjeh stopa >70% Čak i pri visokim identitetima sekvenci (60%-95%), čak jedan od deset homoloških modela ima rmsd >5 Å vs.
Šta je od sljedećeg istinito za modeliranje homologije?
Objašnjenje: Kao što ime sugerira, modeliranje homologije predviđa strukture proteina zasnovane na homologiji sekvence sa poznatim strukturama Modeliranje homologije proizvodi model sa svim atomima baziran na poravnanju sa šablonskim proteinima.… Greške napravljene u koraku poravnanja ne mogu se ispraviti u sljedećim koracima modeliranja.
